Lietuvos verslo paramos agentūra administruoja dalį Ūkio ministerijos programų lėšomis finansuojamų projektų. Visos Ūkio ministerijos programos, kurioms finansuoti skiriami valstybės biudžeto asignavimai, yra aprašytos  Ūkio ministerijos 2008-2010 metų strateginiame veiklos plane, kuris yra skelbiamas Ūkio ministerijos interneto svetainėje.

Nacionalinės paramos lėšomis finansuojamų projektų administravimo bendrieji principai, sąlygos ir tvarka reglamentuojami finansinės paramos taisyklėse – „Lietuvos Respublikos ūkio ministerijos programų lėšų, teikiamų projektų veiklai finansuoti ir kapitalui formuoti, administravimo taisyklės“, patvirtintos 2008-02-29 Ūkio ministro įsakymu Nr. 4-79 „Dėl Lietuvos Respublikos ūkio ministerijos programų lėšų, projektų veiklai finansuoti ir kapitalui formuoti, administravimo taisyklių patvirtinimo“.

Agentūra administruoja paramą pagal šiuos taisyklių priedus:

• 9 priedas    Viešųjų paslaugų verslui projektų grupės aprašas
• 10 priedas  Konferencijų bei seminarų projektų grupės aprašas
• 11 priedas  Informacinių ir valstybės įvaizdį kuriančių leidinių leidybos projektų grupės aprašas
• 12 priedas  Ūkio subjektų dalyvavimo tarptautinėse parodose ir mugėse projektų grupės aprašas
• 13 priedas  Verslo misijų organizavimo projektų grupės aprašas
• 14 priedas  Patentavimo rėmimo projektų grupės aprašas
• 15 priedas  Gamyboje ir kitoje ūkinėje veikloje susidarančių gamybos atliekų prevencijos ir tvarkymo programos projektų grupės aprašas
• 16 priedas  Atitikties įvertinimo infrastruktūros stiprinimo projektų grupės aprašas
• 17 priedas  Kokybės vadybos sistemų ir gaminių sertifikavimo išlaidų dalinio padengimo projektų grupės aprašas
• 18 priedas  Aplinkos vadybos sistemų pagal Europos Sąjungos aplinkos vadybos ir audito sistemos ir ISO 14000 reikalavimus vertinimo ir registravimo(sertifikavimo) išlaidų dalinio padengimo projektų grupės aprašas
• 19 priedas  Verslo plėtros ir inovacinių projektų grupės aprašas
• 20 priedas  Pramoninių parkų projektinės dokumentacijos parengimo projektų grupės aprašas
• 21 priedas  Pramoninių objektų teritorijų inžinerinių tinklų ir susisiekimo komunikacijų įrengimo projektų grupės aprašas
• 23 priedas  Eksporto kredito draudimo išlaidų dalinio padengimo projektų grupės aprašas (pakeitimas)

Projekto veiklos ir kapitalo formavimo biudžeto ir Projekto veiklos ir kapitalo formavimo biudžeto finansinės ataskaitos (taisyklių 5 ir 6 priedai) Excel forma ir jų pildymo instrukcija.  

Paramos lėšos gali būti skiriamos:

• kapitalui formuoti – kaip dotacija, skirta projekte numatytam ilgalaikiam turtui įsigyti ir (arba) kurti ir
• projekto veiklai finansuoti – kaip tikslinės paskirties lėšos, skirtos projekto veiklos sąnaudoms (perkamoms paslaugoms, darbo užmokesčiui ir su juo susijusiems mokesčiams, patalpų, įrankių ir įrangos, įrenginių ir mechanizmų nuomai ir kitoms projektų grupės apraše ir (arba) kvietime teikti paraiškas (toliau – kvietimas) nurodytoms tinkamoms išlaidoms) kompensuoti.

Paraiškos priimamos pagal Ūkio ministerijos ir agentūros skelbiamus kvietimus teikti paraiškas projektams finansuoti. Agentūra priima ir vertina gautas paraiškas, teigiamai įvertintas paraiškas svarsto Projektų atrankos komitetas, kuris po svarstymo teikia ūkio ministrui siūlymus dėl projektų finansavimo. Ūkio ministro įsakymu skyrus lėšas, agentūra sudaro trišales sutartis, kurias pasirašo ministerija, lėšų gavėjas ir agentūra.