Agentūros misija – efektyviai administruoti verslo, turizmo ir energetikos sektoriaus projektus, finansuojamus  iš ES ir valstybės paramos lėšų, kaupti ir skleisti projektų administravimo patirtį, teikti fiziniams ir juridiniams asmenims kokybiškas paslaugas ir informaciją, susijusią su valstybės ir ES struktūrinės paramos lėšų panaudojimu projektams įgyvendinti, dalyvauti įgyvendinant nacionalines strategijas, programas ir kitas iniciatyvas, skirtas Lietuvos ūkiui plėtoti ir jo tarptautiniam konkurencingumui didinti.

Agentūros vizija – Lietuvos Respublikos ir ES paramos lėšomis finansuojamų programų administravimą užtikrinanti organizacija, kurios veikla yra stabili, organizuojama tiksliai pagal nustatytas Lietuvos Respublikos ir ES reikalavimus tenkinančias procedūras, kuri aukštos personalo kvalifikacijos bei įdiegtų pažangių informacinių technologijų dėka operatyviai ir efektyviai vykdo jai pavestas užduotis, pasižymi aukšta darbo kokybe, yra įgijusi pasitikėjimą viešųjų ir privačiųjų ūkio subjektų tarpe.

Agentūros strateginiai tikslai 2008–2010 metams:

• 1 tikslas – tinkamai įvykdyti Agentūrai pavestas funkcijas pagal Lietuvos 2004–2006 metų BPD užbaigimo Gaires ir PHARE 2002 metų  Ekonominės ir socialinės sanglaudos projektą „Parama verslo plėtrai“ ir užtikrinti tolesnę BPD 1.2, 3.1, 3.2 ir 3.4. priemonių bei PHARE 2002 paramos verslui projektų poprojektinę priežiūrą.
• 2 tikslas – užtikrinti efektyvų 2007–2013 metų ES struktūrinės paramos pagal Ekonomikos augimo veiksmų programos 2.1, 2.2 ir 2.4 prioritetus ir Sanglaudos skatinimo veiksmų programos 3.1 ir 3.3 prioritetus projektų administravimą ir įgyvendinimo priežiūrą.  
• 3 tikslas – užtikrinti veiksmingą valstybės paramos pagal Lietuvos Respublikos ūkio ministerijos patvirtintas programas administravimą.
• 4 tikslas – tobulinti savo, kaip viešųjų paslaugų teikėjo, veiklą, susijusią su skaidriu ir efektyviu paramos lėšų panaudojimu projektams įgyvendinti.
• 5 tikslas – užtikrinti išsamios ir aktualios informacijos apie Agentūros administruojamą paramą prieinamumą ir sklaidą bei formuoti palankų visuomenės, verslo, institucijų ir kitų tikslinių grupių požiūrį į Agentūros administruojamą paramą ir veiklą.